会议分两个阶段进行。第一阶段是11月21日的集体学习研讨，会议认真学习了中央领导同志关于科学发展和科技创新问题的一系列重要论述，邀请国家能源局副局长赵小平同志、农业部副部长牛盾同志分别作了关于我国能源形势和我国农村发展形势的专题报告。全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥以“推动科技创新、支持科学发展，促进科学前瞻、迎接未来挑战”为题，做了关于学习实践科学发展观的体会和思考的学习讲话。
会议的第二阶段于12月20日至12月23日举行，内容是专题工作研讨。会议审议了中国科学院副院长江绵恒所作的“中科院在上海地区的整体发展战略”的报告，副院长李家洋、李静海、詹文龙、阴和俊、丁仲礼同志分别所作的基础、高技术、可持续发展片创新基地重大战略部署、重大项目和重大行动计划案例的报告，院党组副书记方新所作的“关于加强党的建设和领导班子建设”的报告，会议还审议了2009年院工作会议主报告方案、院“十二五”规划制订工作方案、院科技支撑平台及支撑队伍建设方案。这些报告既有前瞻的战略思考，包括对当前形势和国家战略需求的深入分析，对世界科技发展前沿和态势的深入研究与思考，对中科院优势、特色与不足的深入调研和剖析，也有切合实际的实施方案，内容丰富，视野开阔，思路清晰，目标明确，体现了解放思想、求真务实、科学发展、改革创新的精神，贯彻了“推动科技创新、促进科学发展”的总体要求。
路甬祥在大会总结时指出，通过学习和研讨，本次会议在一些重要思想认识问题上达成了高度共识，可以概括为“三个深化”。
一是深化了对科学发展观的认识，增强了科学发展的自觉性、坚定性。中国科学院科技发展必须以科学发展观为指针，坚持发展这个第一要务，着力加强原始科学创新、关键核心技术创新与系统集成、引进消化吸收再创新能力，创新体制、机制、管理和文化，建设符合科技发展规律要求、与经济社会的科学发展的需求相适应的创新体系。
二是深化了对中科院发展环境的认识，增强了改革发展创新的紧迫感、责任感、使命感。作为国家战略科技力量，中国科学院必须始终站在国家和人民根本利益的高度，把国家现实和长远需求放在科技创新活动的突出位置，紧紧抓住为国家经济社会发展服务这一中心任务，在国家和人民需要的关键时期发挥重要作用，不断为国家经济社会发展和国家安全提供有力的科技支撑，努力实现胡锦涛总书记在中国科协成立50周年大会上所要求的“勇敢担负起提高自主创新能力、建设创新型国家的战略任务和历史使命，集中力量在解决制约经济社会发展的重大科技问题、关系国民经济命脉和国家安全的关键领域取得突破，努力掌握关键技术和共性技术、解决重大公益性科技问题”。
三是深化了对院情的认识，进一步明确了发展目标和努力方向。经过知识创新工程10年的努力，中国科学院实现了历史性跨越，站在了新的发展起点上。当前中科院处在最好的发展时期，各项事业蓬勃发展。中科院要以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，进一步解放思想，深化改革，创新体制机制和管理，进一步明晰中科院战略定位和使命责任，坚持科学发展、着力实现“九个转变”，认知科学规律、推动科学原创，支撑科学发展、迎接新科技革命的挑战，坚持统筹协调、处理好关系全局的八个重大关系，加强领导班子和干部队伍建设，深入推进知识创新工程，努力建设“三个基地”、创建“四个一流”，建设改革创新和谐奋进的中国科学院，为促进我国经济社会的科学发展、建设创新型国家提供坚强有力的科技支撑。
路甬祥要求，当前和今后一个时期，要重点抓好以下三个方面的工作：
1、扎实推进深入学习实践科学发展观活动
当前，中科院深入学习实践科学发展观活动已经进入分析检查阶段。要重在分析问题，重在总结经验，明确努力方向，对过去发展中存在的问题要历史地、客观地、辩证地看待，重在吸取经验教训。要在分析检查报告的基础上制定整改落实方案，把分析检查报告提出的思路、措施具体化，按解决问题和完善制度的轻重缓急和难易程度，分别提出整改落实的目标、方式和时限要求，把责任落实到分管领导、分管部门。选准突破口和切入点，集中解决突出问题。分清学习实践活动期间能立即解决的问题、近期内通过努力能解决的问题、以及事关全局必须通过长期努力才能够解决的问题。要集中精力，整合资源，积极探索上下联动、左右互动等解决问题的有效方式，多为职工群众办看得见、摸得着、促进科学发展的实事，切实取得